Храм Николая Чудотворца составляет архитектурный ансамбль с палатами Аверкия Кириллова. Эти палаты были одними из самых больших и роскошных в Москве. На втором этаже палат на закладном камне есть надпись, указывающая на начало строительства – 1657 год. Любопытно, что возведение храма совпадает по времени с постройкой палат – 1656-1657 годы
Церковь св. Николая на Берсенёвке стоит настолько близко к палатам Аверкия Кириллова, что в конце XVII века существовал крытый переход, соединявший храм с палатами
В 1775г. с запада к четверику храма пристроили новую просторную трапезную в стиле классицизм, которая сильно исказила первоначальный облик здания
.
История этого места полна загадок и легенд. По неподтвержденным данным здесь был двор известной исторической личности Малюты Скуратова. Считается, что деревянный дом с каменным подклетом на месте Палат Аверкия Киоиллова существовал здесь уже в XV-XVI веках – его следы были найдены археологами и реставраторами. Именно отсюда (от Никольской церкви), по отрывочным сведениям, идет тайный подземный ход под Москвой-рекой в Кремль и к Дому Пашкова на Ваганьковском холме.

А сейчас, это тихое место посреди шумной Москвы с необычайной старомосковской атмосферой.