Церковь Николая Чудотворца на Берсеневке была построена в 1657г. на месте прежней деревянной, как домовая церковь думного дьяка Аверкия Кириллова, рядом с его палатами. Хозяин палат, Аверкий Кириллов, в 1682г. был убит в Кремле во время стрелецкого бунта и похоронен в северном притворе своей церкви. Там же похоронена и его жена.
В 1775г. с запада к четверику храма пристроили новую просторную трапезную в стиле классицизма, которая сильно исказила первоначальный облик здания.
Во время войны 1812 года храм горел; после пожара был обновлен и освящен заново. В 1820-х гг. была снесена старая колокольня, а новая выстроена только в 1854г.
1930г храм был закрыт, по просьбе разместившихся в палатах Аверкия Кириллова Центральных государственных реставрационных мастерских. После закрытия представители мастерских подали заявление на снос колокольни, мешающей хорошему освещению в палатах.В 1932г. колокольню снесли .