Основан в 1490 году с именем Спаса Нового Великим князем Иваном III, который перевёл за город братию кремлёвского монастыря Спаса на Бору.
Первый каменный собор Спаса Преображения построен был в 1494 году[1]. Монастырь начал пользоваться царской благосклонностью и приобретать современный облик после прихода к власти Романовых, чья родовая усыпальница издавна находилась в Новоспасском монастыре. В 1646—1649 годах архимандритом Новоспасского монастыря был будущий патриарх Никон